Hz. Muhammed’in ölümü ( 8 Haziran 632, Pazartesi) yeni İslam devleti tehlikeli durumlar yarattı. Ömer ve arkadaşlarının önerisiyle Hz. Ebu Bekir halife oldu ve “Halifetü Resulullah” (Allah'ın elçisinin halifesi) unvanını aldı. İşlerini daha kolay bir şekilde yürütebilmesi için Medine’nin merkezinde bir eve taşındı. İki yıl süren halifeliğinin büyük bir kısmı, Müslümanlıktan cayma (ridde) olaylarını bastırmakla geçti. Hz. Muhammet’in ölümünden sonra islama karşı harekete geçen birçok merkez oluşmuştu. Bunların dördünde yalancı peygamber adı verilen kişiler ayaklanarak Yemen’de el-Esved el-Ansi, Yemame’de Müseylime, Esed kabilesinden Tuleyha ve Temim kabilesinden Secah adlı kadınlar peygamberliklerini ilan etmişlerdi. Ancak “ridde” yerel koşullarına göre, her bölgede ayrıydı. İşin içinde zekât’ın ve Medine’den gönderilen görevleri dinlememenin de rolü vardı.
Hz. Ebu Bekir, ridde olaylarını bastırmak üzere Suriye seferinden dönen Halid Bin Velid komutasındaki orduyu yalancı peygamberler üzerine gönderdi. Önce Tuleyha Buzaha savaşı’nda yenildi ve egemen olduğu bölge ele geçirildi; arkasından Temim kabilesi Secah’ı bırakıp Ebu Bekir’e bağlandı. Ridde hareketine karşı girişilen en çetin savaş Yemame’de Müseylime ile birlikte yapıldı. İki tarafında büyük kayıplar verdiği bu savaşta Müseylime öldürüldü ve Orta Arabistan bütünüyle ele geçirildi. Muhacir bin Ebu Umeyye komutasındaki orduda Hadramut ve çevresindeki ridde olaylarını bastırdı. Peygamber’in, Suriye’de kazanılacak zaferlerin Arap kabilelerinin birleşmesinde etkiliği olacağı yönündeki düşüncelerini benimseyen Ebu Bekir, Müseylime’nin ortadan kaldırılmasından hemen sonra Halid bin Ziyad komutasındaki orduyu Irak’a gönderdi.
Halid, el-Müsenna bin Haris komutasındaki kuvvetlerle birleşerek Irak’ı yağmaladı ve Hire’yi vergiye bağladı.(633). İslam ordusu daha sonra Ecnadeyn’de Bizans ordusunu bozguna uğrattı (Temmuz 634). Bu savaşta Müslümanlar üç bin şehit verirken yüz bin Bizanslı öldürüldü; savaşta İslam ordusunda kadınlarda erkeklerle birlikte savaştılar. İslam ordusunun giriştiği bu savaşlarda Kuran’ın ayetleri ve surelerini yassı kemikler, taş levhalar ve deriler üzerine yazmakla görevli vahiy kâtiplerinin çoğu ölmüştü.Ebu Bekir, halife Osman zamanında tedvin edilecek (kitap olarak bir araya getirilecek) olan Kuran’ın kitaplaştırılması için bir kurul oluşturarak başına Hz. Peygamberin kâtiplerinden Zeyd bin Sabid’i getirdi. Kurul “Mushaf” adı verilen ilk toplu Kuran’ı yazdı. Hz. Ebu Bekir, İran’a karşı da harekete geçilmesini istedi; ancak bu isteği halife Ömer zamanında gerçekleşebildi.
Bizans’a karşı Ecnadeyn’de kazanılan zaferden kısa bir süre sonra hastalanarak Medine’de öldü ( 23 Ağustos 634); vasiyeti gereği Hz. Muhammed’in tabutuna konuldu, cenaze namazını halife Ömer kıldırdı ve Hz. Peygamberin yanında toprağa verildi. Çok yalın yaşamı, varlıklı olmaktan kaçışı, her türlü gösterişten tiksinti duyması ve insancıl davranışlarıyla İslam büyükleri arasında önemli bir yeri olan Ebu Bekir için Hz. Muhammed s.a.v bir hadisinde şöyle der: “Ebu Bekir’in imanı, bütün Müslümanların imanı ile tartılsa, onunki ağır gelir.”
